应用药物研究所为新药开发的研究机构，下设有:有机药物、无机药物、天然药物、制剂、分析、及药理毒理等研究室。以抗感染、抗肿瘤、治疗心血管及疑难疾病的中西药物研究，以及微量元素补剂和新的药物剂型为主要研究方向。

几年来，已获得二十余个新药证书并均已转让，产生了很好的社会效益和经济效益。另有十多个项目还在进行临床及临床申报中。先后获得省、部、市级优秀科技技术奖9项。